Il termine autoctono deriva dal greco “autòchton”, composto di “autòs” = “stesso” e “chthòn” = “suolo/ terra”. La parola indica quindi l’ appartenenza di qualcosa o qualcuno ad un luogo.

In etnologia (branca dell’ antropologia che ha come oggetto di studio l’ origine e diffusione delle culture dei vari popoli) si definiscono “autoctone” le persone native del luogo in cui vivono o le popolazioni e relative culture che, essendosi stanziate in un determinato territorio in epoca remota, si ritengono nate in quella medesima terra (es. gli Ateniesi). In questo senso, il significato di autoctono risulta sovrapponibile a quello di ‘indigeno’ (popolazioni autoctone/indigene). In biologia si dicono invece autoctone le specie animali e vegetali originatesi ed evolutesi nella specifica area in cui si trovano (es. lo scoiattolo rosso europeo per l’ Europa), in contrapposizione alle specie alloctone, ovvero introdotte in una determinata zona per azione dall’ uomo (es. lo scoiattolo grigio in Europa). La definizione di “specie autoctona” non va tuttavia confusa con quella di “specie endemica” che, seppur rientrante nella prima categoria, caratterizza determinate piante o animali che si trovano e vivono solo ed esclusivamente in una specifica area, di solito di estensione ridotta, come ad esempio le isole (vedi Galapagos, Madagascar, Nuova Zelanda, ecc.).

In geologia si definiscono inoltre “autoctone” le rocce o unità tettoniche formatesi nel luogo stesso dell’ affioramento, mentre in paleontologia si dicono tali i reperti fossili appartenenti al contesto paleo-ambientale in cui sono stati rinvenuti e quindi estranei a processi di trasporto post-mortem.

La psicologia definiscono infine “autoctoni” quegli atti, appartenenti alla sfera dell’ automatismo, determinati da irritazione interna di centri nervosi, senza intervento di eccitazioni periferiche.

Sebbene il significato del termine risulti strettamente legato allo specifico campo di utilizzo, generalmente si ritengono sinonimi di autoctono: aborigeno, indigeno, locale, nativo. Contrari possono invece essere considerati: allogeno, forestiero, straniero.